宗教分裂...
1555年菲利普二世继承西班牙王位，给法兰德斯带来了新的危机。菲利普是一个热心的天主教徒，极力遏制北方新教的崛起。而在法兰德斯的各个城市中，新教却是一种政治运动，是与这一地区长期反抗贵族的统治联系在一起的。菲利普派声名狼藉的Alva公爵区法兰德斯地区，企图遏制新教运动。Alva公爵在这一地区实施恐怖强硬的政策，处决了数千人。这激起了新教徒更强烈的反抗，最终信仰天主教的南方仍然效忠西班牙，被称为西属尼德兰；而北方地区则脱离了西班牙帝国，成为现在的连省自治国。

城市失去贸易中心的地位...
西班牙不仅承认连省自治国的独立，还同意关闭Schelde港口。因此，安特卫普和根特，像此前的布鲁日一样，失去了区域贸易中心的地位。然而，在菲利普的女儿，Infanta Isabella的统治下，西班牙低地又恢复了原有的优势。整个国家虔诚信教，宗教命令急速增加，教会成为知识中心，建立了30座学院。

战争时期...
法兰德斯的下一位统治者是法国的路易斯十四世（1659-1715）。他的雄心不仅令西班牙，而且令英国和荷兰感到恐惧，因为它们不愿意看到法国扩张边界，与它们接壤。因此数十年间战争不断，今天的比利时地区当时在大半个世纪里都是战场。这种持续的战争状态严重破坏了贸易活动，国家开始向内向型发展，但其农业由于现代化程度较高仍能达到自给自足的水平。

西班牙的继任统治...
在没有子嗣的西班牙国王查尔斯二世去世之前，他指定路易斯十四世的孙子菲利普作为他的继承人。路易斯要求菲利普立即把西属尼德兰割让给法国。菲利普无法拒绝，但欧洲其他各国的统治者却没一个能接受这一提议。接下来的十年里，法国和荷兰、英国和奥地利发生了战争。最终，在1713年各国缔结了乌特勒支条约：路易斯得到的已经足够了，因而法国把西属尼德兰割让给了奥地利哈布斯堡的统治者。

法兰德斯重建...
在广受民众拥护的奥地利女王Maria-Therese的长期统治下（1740-1780），法兰德斯的经济基础和基础设施得以重建。为了是从德国到海岸的交通重新焕发活力，法兰德斯加强了道路建设。到18世纪末，主要的道路长度从约60公里增加至900公里，包括从亚琛到奥斯坦德的跨越边界的公路。